Le projet de Bioperl est une collection de modules de Perl qui facilitent le développement des séquences type de Perl pour des applications de bio-informatique. En soi, il ne comprend pas des régimes prêts à employer dans le sens que beaucoup d'ensembles de mesures de film publicitaire et de surfaces adjacentes basées sur le WEB libres font (par exemple Entrez, SRS).

D'une part, le bioperl fournit les modules réutilisables de Perl qui facilitent des séquences type de Perl d'écriture pour la manipulation de séquence, accéder des bases de données using une gamme des formats et d'exécution de caractéristiques et l'analyse des résultats de divers régimes de biologie moléculaire comprenant le souffle, le clustalw, le TCoffee, genscan, ESTscan et HMMER. En conséquence, le bioperl permet les séquences type se développantes qui peuvent analyser de grandes quantités de caractéristiques de séquence des voies qui sont en général difficiles ou impossibles avec les systèmes basés sur le WEB.

Afin de tirer profit du bioperl, des besoins de l'utilisateur une compréhension fondamentale du langage de programmation de Perl comprenant une compréhension de la façon employer des références de Perl, des modules, des objectifs et des méthodes. Si ces concepts sont peu familiers l'usager est de divers livres préliminaires ou intermédiaires l'uns des visés sur le Perl.

Weve a aimé le langage de faisceau de Perl de S. Holzmers, pression de technologie de Coriolis, par exemple. Ce cours d'instruction ne se destine pas pour enseigner les connaissances de base du Perl à ceux avec peu ou pas d'expérience du langage de Perl. D'une part, la connaissance avancée du Perl - tel que la façon sauver un module orienté objets de Perl - n'est pas exigée pour avec succès using le bioperl.

Bioperl est un logiciel libre qui est toujours en cours de développement actif. Les avantages du logiciel libre sont bien connus. Ils comprennent l'habileté librement d'examiner et modifier codes sources et l'exemption des redevances de logiciel.

Cependant, puisque le logiciel libre est type développé par un grand nombre de programmeurs volontaires, le code donnant droit n'est souvent pas comme clairement dispensé et son interface utilisateur pas comme normalisé comme dans un produit commercial mûr.

De plus, dans aucun projet en cours de développement actif, la documentation peut ne pas suivre le développement des caractéristiques neuves. En conséquence la courbe d'apprentissage pour le logiciel de source de source activement développée et ouverte est parfois escarpée.

Ce qu'il y a de neuf dans ce desserrage :

· Beaucoup de bugfixes et de perfectionnements ont été effectués, y compris le soutien d'analyser les dernières modifications de format texte de SOUFFLE de NCBI, support de PAML 3.15, une taxonomie (bio : : Révision de substance), un bio : : Révision de carte, un bio : : Speedup de SearchIO, l'introduction d'un système d'installation de Build.PL, et fixages pour quelques fuites mémoire dans bio : : Arbre.
· Cette version exige Perl 5.6.1 ou plus tard.