Bio : : PrimarySeqI est une définition de surface adjacente de Perl pour un bio : : PrimarySeq.

SYNTHÈSE

# bio : : PrimarySeqI est la classe de surface adjacente pour des séquences.

# si vous êtes un venu au bioperl, vous devriez
# début avec bio : : Documentation Seq. Ceci
# la documentation est principalement pour l'usage de développeurs
# Bioperl.

# vérifier ceci est un objectif seq

$obj->isa (« bio : : PrimarySeqI ») ||
$obj->throw (« $obj ne met pas en application le bio : : Surface adjacente de PrimarySeqI ») ;

# utilisateurs

$string = $obj->seq () ;
$substring = $obj->subseq (12.50) ;
$display = $obj->display_id () ; # pour l'étalage humain
$id = $obj->primary_id () ; # identificateur unique pour cet objectif,
# application définie
$unique_key= $obj->accession_number () ;
# seule identification biologique

# manipulation d'objectif

éval {
$rev = $obj->revcom () ;
} ;
si ($@) {
$obj->throw (- => de cours bio : : Fond : : Exception,
- le => des textes « n'a pas pu renverser le complément.  ».
« Probablement pas ADN. Exceptionn$@n réels »,
- => $@ de valeur) ;
}

$trunc = $obj->trunc (12.50) ;

# $rev et $trunc sont bio : : Objectifs conformes de PrimarySeqI

Cet objectif définit une surface adjacente abstraite à l'information fondamentale de séquence - pour la plupart des usagers de l'ensemble de mesures la documentation (et les méthodes) dans ce cours ne sont pas utiles - ceci est une classe de développeurs seulement qui définit quelles méthodes doivent implmented par d'autres objectifs de Perl pour se conformer au bio : : Surface adjacente de PrimarySeqI. Disparaissent le « perldoc bio : : Seq » ou « homme bio : : Seq » pour plus d'information sur le cours principal pour des séquences.

PrimarySeq est un objectif juste pour la séquence et ses noms, rien plus. Seq est l'objectif plus grand complet avec des configurations. Il y a une application pure de Perl de ceci dans bio : : PrimarySeq. Si vous voulez juste employer bio : : Les objectifs de PrimarySeq, satisfont alors affiché ce module d'abord. Ce module définit la surface adjacente, et est de plus d'intérêt aux gens qui veulent envelopper leurs propres objectifs de Perl/RDBs/systèmes de fichiers etc. de voie qu'ils « sont » des objectifs de séquence de bioperl, quoiqu'elle n'emploie pas le Perl pour enregistrer la séquence etc.

Cette surface adjacente définit quels consideres de bioperl nécessaires « être » une séquence, sans fournir une application de ceci. (Une application est fournie dans bio : : PrimarySeq). Si vous voulez fournir un bio : : L'objectif conforme de PrimarySeq qui enveloppe en fait une autre expérience l'objectif/base de données/à l'extérieur-de-Perl, alors ceci est la chose correcte à envelopper, généralement en fournissant une classe d'emballage qui inheriet de votre objectif et de ce bio : : Surface adjacente de PrimarySeqI. La classe d'emballage alors aurait des listes de méthodes dans les « fonctionnements particuliers d'application » qui fourniraient ces méthodes pour votre objectif.

Le projet de Shizzle est un démon basé parsession qui exécute à l'arrière-plan et surveille l'activité de d-bus. Quand une application capable de d-bus est commencée, Shizzle activera les connexions chargées (qui sont des modules ou des applications de python) que le matche l'application a mis en marche.

Les connexions sont conçues pour permettre à des applications averties de divers d-bus d'agir l'un sur l'autre les uns avec les autres, produisant des fonctionnalités et des possibilités neuves pour une expérience améliorée de client desktop. Par exemple, un embrochable a pu permettre à un reproducteur multimédia d'agir l'un sur l'autre avec la causerie et le logiciel de MÉDECINE INTERNE.