Bio : : SAUGE : : Le module de comparaison compare des caractéristiques d'analyse séquentielle des bibliothèques d'expression du gène (SAUGE).

SYNTHÈSE

utilisation bio : : SAUGE : : comparaison ;
$sage = bio : : SAUGE : : Comparison->new () ;

Ce module fournit plusieurs outils pour comparer des caractéristiques produites de l'analyse séquentielle des bibliothèques d'expression du gène (SAUGE).

FOND

L'analyse séquentielle de l'expression du gène (SAUGE) est une technique moléculaire pour produire d'un instantané proche-mondial du transcriptome d'une population cellulaire. Brièvement, la technique extrait des courtes séquences aux positions définies de l'ADN messagère transcrite. Ces courtes séquences sont alors appareillées pour former des ditags. Les ditags concatamerized pour former les longues séquences qui sont alors copiées. L'ADN copiée est alors séquencée. Des techniques de Bioinformatic sont alors utilisées pour déterminer les séquences courtes originelles d'étiquette, et pour dériver leur ancêtre ADN messagère. Le nombre de fois où une étiquette particulière est constatée peut être employé pour doser la quantité d'une transcription particulière. La technique originelle a été décrite par Velculescu et autres (1995) et a utilisé une étiquette de séquence de ~14bp. Un protocole modifié a été introduit par Saha et autres (2002) qui ont produit des étiquettes de ~21bp.

BUT

Ce module facilite la comparaison des bibliothèques SAGES. Particulièrement :

1. Calculs pour déterminer le statistique
signification des différences d'expression.
2. Dynamiquement bibliothèques de long-étiquette de converti à
un type plus court pour la comparaison (par exemple comparer
un LongSAGE contre une bibliothèque SAGE régulière).

Les deux la SAUGE régulière (étiquette 14mer) et le LongSAGE (étiquette 21mer) sont supportés par ce module.

La signification statistique dans des comparaisons de bibliothèque est prévue suivre la méthode décrite par Audic et Claverie (1997). Le code a été produit en mettant en communication directement la source originelle des auteurs C.

La comparaison de configuration de grain (kccmp) fournit un GUI pour comparer deux dossiers du noyau Linux « .config ».

Elle montre des variables de configuration avec différentes valeurs dans un format tabulaire. Elle montre également des variables de configuration trouvées dans seulement une des fichiers de configuration d'entrée.

Construction :

le kccmp par défaut exige le quart 3.x. Cependant, en changeant une ligne dans kccmp.pro vous pouvez établir contre le quart 4.x. Noter que le libboost_regex de requilres de construction du quart 4.x aussi bien.
La construction normale est aussi facile que :
exemple :
% de qmake
% effectuent

Usage

% de kccmp /path/to/first/.config path/to/second/.config

exemple :
% de kccmp /usr/src/linux/.config /usr/src/linux/.config.old

Ce qu'il y a de neuf dans ce desserrage :

· Ce desserrage a été mis en communication au quart 3.x.
· La condition pour le libboost_regex a été retirée.
· La construction avec le quart 4.x ou le quart 3.x est maintenant supportée.

bittorrent est un logiciel gratuit pour les dossiers de copie d'une machine à l'autre. Le ftp punit des sites pour être populaire.

Puisque tout le chargement est fait d'une place, fer des nécessités de site populaire d'un grand et de la grande largeur de bande.

Avec BitTorrent, les usagers reflètent automatiquement des dossiers qu'ils téléchargent, effectuant aux éditeurs le fardeau presque rien.

Le gestionnaire de files d'attente de bittorrent est un client bittorrent console-basé exécutant sur BitTornado qui fournit des fonctionnements de management inhérents de file d'attente.

Le gestionnaire de files d'attente de bittorrent fournit également à une surface adjacente lointaine compatible l'ABC pour le contrôle basé sur le WEB. en outre, l'information de pairs peut être questionnée, y compris des noms de pays et de réseau, et une chenille inhérente peut recueillir les torrents neufs sur les dispositifs de poursuite spécifiques ou les sites de catalogue pour télécharger automatiquement.

C'est le début neuf de BTQueue. Par l'évolution à 0.1.0, vous en mesure :

· Utiliser le réseau de DHT compatible à l'usager et au BitComet de Bram Cohens
· Questionner l'emplacement d'IP de la base de données mise à jour plus COMME le numéro (voir l'ip2cc)
· Changer l'identificateur d'usager en Azureus, usager de Bram Cohens, ou BitComet

Réseau : : bittorrent : : PeerPacket est une analyse/des paquets pairs de construction de BitTorrent.

SYNTHÈSE

# coder un paquet
mon $binary_packet = bt_build_packet ($key1, $value1, $key2, $value2) ;

# traduire un paquet
mon $parsed_packet = bt_parse_packet ($binary_data) ;

Réseau : : bittorrent : : Traitements de PeerPacket analysant et établissant des caractéristiques binaires partagées entre les pairs de BitTorrent. Le module exporte optinally une sous-routine unique pour des paquets de construction et des autres pour des paquets d'analyse, ainsi que, une constante pour chaque type de paquet défini par BitTorrent.

MusicBrainz : : L'usager est un usager api de MusicBrainz.

SYNTHÈSE

utilisation MusicBrainz : : Usager ;
utilisation MusicBrainz : : Questionne le qw (: tous) ;

mon $mb = MusicBrainz : : Client->new () ;
si (! $mb->query_with_args (MBQ_FindArtistByName, [« Pink Floyd »])) {
mourir (« requête défaillie :  », $mb->get_query_error (), « n ») ;
}
impression « trouvée », $mb->get_result_int (MBE_GetNumArtists), « artistsn » ;

Ce module permet d'accéder à l'usager api de musicbrainz using une surface adjacente de Perl-ish OO.

Messa est un client et serveur instantané de messager. L'usager a une surface adjacente de malédictions et travaille à la console. Messa supporte les messages multilingues et les messages privés.

Le serveur supporte le fonctionnement de monoprocess (sans filetages), l'habileté de choisir le port de écoute, et l'habileté d'exécuter sous la console.

Le téléchargeur de bittorrent de gnome n'est pas censé pour être un frontal entier, juste un régime qui saute vers le haut quand vous « accomplissez » les dossiers de torrent.

Puisque bittorrent est sauvé dans le python, j'ai figuré que l'identification sauvent ce régime dans le python aussi ; épargne beaucoup d'ennuis comme je déjà ai relativement bien connu le python.

Le P2P anatomique est un client bittorrent sauvé dans GTK avec une prolonge permettant la décentralisation.

On lui sauve dans le pygtk using le faisceau originel de BitTornado et il peut accéder le réseau P2P anatomique des supernodes et des dispositifs de poursuite de sorte que des dossiers puissent être grouillés au-dessus des noeuds multiples sur le réseau produisant le rendement grand.

HTTunnel : : L'usager est un cours d'usager pour Apache : : HTTunnel.

SYNTHÈSE

mon $hc = HTTunnel neuf : : Usager (« http://localhost/httunnel ") ;
$hc->connect (tcp, $some_host, $some_port) ;

$hc->print (certains demande) ;
mon $some_response = $hc->read (1024) ;

$ch->close () ;

HTTunnel : : L'usager est le cours d'usager à Apache : : HTTunnel. Il permet la création d'une connexion au réseau percée un tunnel par le HTTP. Toutes les caractéristiques envoyées et reçues pendant cette connexion seront transportées à l'intérieur des demandes de HTTP normales.

HTTunnel : : L'usager étend LWP : : UserAgent, tellement tout le LWP : : Les méthodes d'UserAgent sont procurables par HTTunnel : : Usager.

CONSTRUCTEURS

neuf (URL, [ARGS])

Produit un HTTunnel : : Objectif d'usager qui emploiera l'URL pour entrer en contact avec Apache : : Serveur de HTTunnel. ARGS sont sont réussis directement au LWP : : Constructeur d'UserAgent.

MÉTHODES

brancher (PROTO, SERVEUR, PORT, [MINUTERIE])

Demande Apache : : Serveur de HTTunnel pour établir une connexion de protocole PROTO au SERVEUR : PORT. Une exception est projetée si une erreur se produit.

Les valeurs reçues pour PROTO sont les tcp et l'UDP.

impression (CARACTÉRISTIQUES)

Demande Apache : : Serveur de HTTunnel pour sauver des CARACTÉRISTIQUES à la connexion distante établie. Une exception est projetée si une erreur se produit.
Les CARACTÉRISTIQUES peuvent être une grandeur scalaire ou une liste, dans ce cas les organes de liste sont enchaînés ensemble.

affiché (LEN, [MINUTERIE], [LIGNE DE SAUVETAGE], [LIFELINE_CUT_ACTION])

Demande Apache : : Serveur de HTTunnel à afficher jusqu'aux octets de LEN de la connexion distante établie. Une exception est projetée si une erreur se produit.

en essayant de s'afficher, HTTunnel : : L'usager établira une connexion de HTTP à Apache : : Serveur de HTTunnel demandant que des octets de LEN soient affichés. Si aucune caractéristique n'est procurable après des secondes de MINUTERIE (la valeur par défaut est de 15 secondes), la connexion de HTTP est fermée par le serveur et la méthode affichée établira un neuf. Ceci continuera jusqu'à quelques caractéristiques ou l'EOF est retourné.

Par conséquent affiché retournera seulement quand (ou de plus) de la caractéristique est procurable pour être affichée (comme le militaire de carrière affiché).

La LIGNE DE SAUVETAGE peut être n'importe quel filehandle admissible de lesquels peut s'afficher. Si utilisé, affiché interrompra sa boucle de connexion et accomplira LIFELINE_CUT_ACTION quand la caractéristique (ou l'EOF) est procurable pour être affiché de la LIGNE DE SAUVETAGE. Elle renverra alors l'undef.
Le wust de LIFELINE_CUT_ACTION soit un CODE réf. La valeur par défaut est

sous-marin {mourir (le « cutn de ligne de sauvetage »)}

Ces caractéristiques peuvent être employées si vous voulez la fourche et pour commencer un procédé qui ne fait rien mais affiche et renvoie les caractéristiques par l'intermédiaire d'une pipe. Vous pouvez alors utiliser une deuxième pipe pour s'assurer que le procédé de lecteur met fin quand le procédé principal met fin.

Voici un exemple :

mon $lifeline = E/S neuf : : Pipe () ;
mon $reader = E/S neuf : : Pipe () ;
mon $pid = fourche () ;
si ($pid) {
$reader->reader () ;
$lifeline->writer () ;

# afficher les caractéristiques de $reader…
}
autrement {
$reader->writer () ;
$reader->autoflush (1) ;
$lifeline->reader () ;

tandis que (1) {
mon $data = $hc->read (1024, 15, $lifeline, sous-marin {sortie ()}) ;
quitter () à moins que défini ($data) ;
estamper $reader $data ;
}
}
se fermer ()

Demande Apache : : Serveur de HTTunnel pour fermer une connexion précédemment établie.
get_peer_info ()

La méthode de get_peer_info renvoie des informations sur la connexion distante. Une chaîne de caractères contenant l'IP address et le numéro de port, séparés par un côlon (:) est retourné. Cette méthode peut être utile avec des connexions d'UDP pour valider l'émetteur de chaque paquet.

request_callback (DEMANDE)

La méthode de request_callback est une méthode de rappel de service qui peut être employée pour accéder le HTTP : : Objectif de demande juste avant qu'il soit envoyé. L'application de défaut ne fait rien.

response_callback (RÉACTION)

La méthode de response_callback est une méthode de rappel de service qui peut être employée pour accéder le HTTP : : Objectif de réaction juste après qu'il soit reçu. L'application de défaut ne fait rien.

FlashUnity est une approche glissière-basée à un serveur de communication instantané et à la salle de messagerie instantanée de XML.

Using le concept des glissières et des filtres le serveur de FlashUnity devient extrêmement souple et très facile à s'étendre. en outre, en utilisant des glissières il est possible d'exécuter des fonctionnements modulaires multiples dans le même serveur.

Les filtres vous permettent à l'entrée de prefilter pour toutes les glissières ou fournissent l'autre fonctionnalité à toutes les glissières. C'est une réécriture totale de CyberSS, et les api et le XML ont les principaux changements multiples. Chaque module, filtre, et l'usager de causerie sont en leur propre ensemble de mesures séparé de POIRE.

Ce qu'il y a de neuf dans ce desserrage :

· Les modifications de pièce fonctionnent maintenant correctement, et il y a des mises à jour d'Uselist.
· C'est le desserrage final avant 1.0.

Ksvn est un usager neuf de subversion qui ressemble au tortoiseSVN.

Il peut être employé du menu contextuel de Konqueror et change la carte normale de subversion de KDE. Vous pouvez directement ajouter, retourner, et des dossiers d'effacement du dialogue d'engagement avec un menu contextuel de dossiers.

Installation :

1. Cd de `au répertoire contenant les ensembles de mesures codes sources et le type `. /configure pour configurer l'ensemble de mesures pour votre système. Si le youre using le csh de `sur une vieille version du système V, vous pourrait devoir taper à `./configure SH au lieu pour empêcher le csh de `d'essayer d'accomplir le `se configurer.

Le `en marche configurent prend un moment. Tout en exécutant, il estampe dire de quelques messages les quelles caractéristiques il vérifie.

2. Le type `effectuent pour compiler l'ensemble de mesures.

3. Le type `effectuent pour monter pour monter les régimes et n'importe quels fichiers et documentation de données.

4. Vous pouvez retirer les binaires de régime et les fichiers d'exécution à partir du répertoire de codes sources en tapant le `rendent propre.

Ce qu'il y a de neuf dans ce desserrage :

· La possibilité pour choisir un dossier quand ajouter un répertoire a été ajouté.

Jifty : : L'usager est une sous-classe de WWW : : Mécaniser avec les configurations supplémentaires de Jifty.

Ce module est une base pour que les robots de construction agissent l'un sur l'autre avec des applications de Jifty. Il contient actuel le code superposant beaucoup avec Jifty : : Test : : WWW : : Mécaniser, sauf qu'il n'hérite pas du test : : WWW : : Mécaniser.

S'attendre à ce que ce code refactored dans un proche avenir.

MÉTHODES

neuf

Dépasse WWW : : Mécanise neuf pour donner automatiquement au robot un choc de biscuit.

ACTION de moniker_for, VALEUR 1 du => FIELD1, VALEUR 2 du => FIELD2

Trouve le surnom de la première action du type ACTION dont l'inducteur FIELD1 de « constructeur » est la VALEUR 1, et ainsi de suite.

SURNOM de fill_in_action, VALEUR 1 du => FIELD1, VALEUR 2 du => FIELD2,…

Trouve les inducteurs sur la page courante avec les noms FIELD1, FIELD2, etc. dans l'action de SURNOM, et les complète. Renvoie le HTML : : Former l'objectif de la forme que l'action est dedans, ou de l'undef s'il trouvaille biseautée tous les inducteurs.

SURNOM d'action_form [ARGUMENTNAMES]

Renvoie le formulaire (comme HTML : : Former l'objectif) correspondant au surnom donné (qui contient également des entrées pour les argumentnames donnés), et le sélectionne également comme forme actuelle. Renvoie l'undef si on le trouve des clichés.

SURNOM d'action_field_value, INDUCTEUR

Trouve les inducteurs sur la page courante avec la ZONE d'identifications dans le SURNOM d'action, et renvoie sa valeur, ou undef si on le trouve des clichés.

VALEUR de => d'ARGUMENT de CLASSE de send_action, […]

Envoie une demande au serveur par l'intermédiaire des webservices api, et renvoie le Jifty : : Résultat de l'action. Le COURS spécifie la classe de l'action, et tous les paramètres acceptent ensuite des clavettes et des valeurs d'argument.

L'URI de la page est sans modification après ceci ; ceci est accompli en utilisant la « touche back » après avoir effectué la demande de webservice.

la VALEUR de => d'ARGUMENT de CIRCUIT fragment_request, […]

Effectue une demande de l'éclat au CIRCUIT, using les webservices api, et renvoie la chaîne de caractères du résultat.

SURNOM de field_error_text, INDUCTEUR

Trouve l'envergure d'erreur sur la page courante pour la ZONE d'identification dans le SURNOM d'action, et renvoie le texte (étiquettes décollées) de lui. (Si les clichés d'inducteur soient trouvés.

uri

WWW : : Mécaniser a un insecte après où il renvoie la valeur incorrecte pour l'uri dirigent à nouveau. Ceci fixages cela. Voir le http://rt.cpan.org/NoAuth/Bug.html?id=9059

session

Renvoie le côté serveur Jifty : : Âme : : L'objectif de session s'est associé à ceci mécanisent l'objectif.

prolongation [identification]

Renvoie la prolongation actuelle de l'objectif de mécanisation, le cas échéant. Ou, donné une identification, renvois la prolongation avec cette identification

current_user

Renvoie le Jifty : : Objectif ou descendant de CurrentUser, le cas échéant.

WebSphere : : MQTT : : L'usager est un usager de transport de la télémesure du WebSphere MQ.

SYNTHÈSE

WebSphere d'utilisation : : MQTT : : Usager ;

mon $mqtt = WebSphere : : MQTT : : Client->new (localhost de => de nom d'hôte) ;

$mqtt->disconnect () ;

WebSphere : : MQTT : : Usager
Publier et souscrire au courtier.

DÉTONATEUR : : L'usager est Perl-PROTÈGENT PAR FUSIBLE l'usager.

SYNTHÈSE

DÉTONATEUR d'utilisation : : Usager ;
$c = DÉTONATEUR : : Client->new ({
Port=>35008,
Quiet=>1,
}) ;

$c->connect () ;
$c->send (« COMMANDE », « paramètre ») ;
$c->disconnect () ;

Le DÉTONATEUR : : Le module d'usager produira un usager de DÉTONATEUR de TCP pour vérifier envoyer message à un serveur de DÉTONATEUR.

La surface adjacente externe À PROTÉGER PAR FUSIBLE : : L'usager est :

$c = DÉTONATEUR : : Client->new ([%options]) ;

Le constructeur d'objectif prend les arguments suivants dans les informations parasites d'options :

Quiet = 0|1

Si être tranquille. Le défaut est d'enregistrer tous les événements à STDOUT (pas Quiet).

Port = n

Le port pour que l'usager branche à. Le défaut est 1024.

$c->connect () ;

Cette méthode branche l'usager au serveur.

$c->disconnect () ;

Cette méthode démonte l'usager du serveur.

$c->send ($command, $parameter) ;

Envoyer un message de commande formaté par DÉTONATEUR au serveur, avec le paramètre spécifique.

Réseau : : Nessus : : L'usager est un module d'usager de Nessus.

SYNTHÈSE

# brancher au serveur de Nessus
exiger le réseau : : Nessus : : Usager ;
mon $client = réseau : : Nessus : : Client->new (localhost de => de serveur,
=> gauche 1241,
=> Joe d'usager,
my_password de => de mot de passe) ;

Le régime de Nessus est un usager/application serveur offrant un cadre pour un bon nombre de scanners liés à la sécurité, soi-disant connexions. L'idée n'est pas de produire un scanner séparé pour aucun trou de garantie possible, mais au reimplement seulement les la plupart des parts importantes et n'a pas laissé le serveur de Nessus (nessusd) effectuent la majeure partie du travail.
Les usagers sont en général procurables comme applications GUI, par exemple basé sur le GTK (nessus), Java ou applications Win32. Ce module est un autre usager de Nessus sauvé dans le Perl, mais sans GUI.

Vous commencez à à l'aide du module en ouvrant une connexion à un serveur de Nessus : Ceci produira un objectif d'usager de Nessus pour vous. Cet objectif offre les méthodes que vous pouvez plus tard employer, par exemple en recherchant la liste de connexions procurables, commencer un balayage, règlent des préférences et ainsi de suite.

Réseau : : Ligne directe : : L'usager est une bibliothèque de Perl pour l'usager d'Internet de ligne directe.

SYNTHÈSE

réseau d'utilisation : : Ligne directe : : Usager ;

$hlc = réseau neuf : : Ligne directe : : Usager ;
$hlc->connect (« 127.0.0.1 ")

$hlc->chat_handler (&Chat_Handler) ;
$hlc->msg_handler (&Msg_Handler) ;

$hlc->login (=> « Steve » de procédure de connexion,
=> de mot de passe « xyzzy »,
=> « fonctions » de sobriquet,
=> 128 de graphisme) ;

$hlc->run () ;
…

Réseau : : Ligne directe : : L'usager est un cours mettant en application un usager d'Internet de ligne directe dans le Perl. Il a été particulièrement développé pour faciliter la création de la ligne directe « robots, » bien que son approprié à la plupart des autres tâches aussi bien. La ligne directe est un usager/système hôte d'Internet qui est tri d'une croix entre l'IRC et un BBS. Voir le http://www.hotlinesw.com/ pour plus d'information.

Ce document suppose que vous avez de la connaissance de l'usager de ligne directe. Sinon, je propose de le télécharger de l'URL ci-dessus. (Son shareware. Les versions de Mac et de PC sont procurables)

L'usager d'Oracle est un usager Perl-basé simpliste d'Oracle que les essais pour imiter une partie de la fonctionnalité du texte de PostgreSQL et de MySQLs ont basé des usagers de SQL.

Il est relativement simpliste, mais beaucoup plus utile que le dbishell ou le sqlplus.

Le projet supporte le readline, l'histoire, le desc, et les diverses commandes de sténographie comme d, c, etc.

Paquet : : MusicBrainz : : L'usager est un module de Perl avec un paquet pour monter MusicBrainz : : Usager et modules required.

SYNTHÈSE

Perl - MCPAN - e montent le paquet : : MusicBrainz : : Usager

CONTENU

MusicBrainz : : Usager - pour pour finir par connaître le thyself
MusicBrainz : : Questionne 0.05 - Les constantes de requête de RDF
MusicBrainz : : TRM 0.01 - L'empreinte digitale sonore api de Relatible

Ce paquet comprend tous les modules employés par les grippements de Perl pour la bibliothèque d'usager de MusicBrainz (MusicBrainz : : Module d'usager), produit en Sander van Zoest.

Un paquet est un module qui définit simplement une collection d'autres modules. Il est employé par le module de CPAN pour automatiser chercher, la construction et monter des modules des sites d'archives de ftp de CPAN.

Ce paquet ne traite pas la bibliothèque réelle d'usager de MusicBrainz (libmusicbrainz), celui est fourni par des sources autres que CPAN. La nécessité de Youll de chercher et établir la bibliothèque vous-même.

le projet de k12admin-client est un outil de gestion basé sur le WEB de serveur pour des systèmes scolaires K-12 (ensemble de mesures d'usager).

K12Admin est un régime de gestion de Réseau étendu adapté particulièrement aux systèmes scolaires K-12.

Il permet à des professeurs dans différentes écoles d'administrer les comptes à cette école. K12Admin administrera la donnée de compte sur des serveurs Linux d'usager à chaque école d'un serveur central.

Toute la gestion est faite par une surface adjacente de web browser. Le système comprend également la lecture d'utilisation d'âme et la vérification inadéquates de garantie.

L'ensemble de mesures de k12admin-client est la pièce d'usager de K12Admin. Il est monté sur les serveurs d'école qui deviennent mis à jour using l'information à partir de l'ordinateur de k12admin-server.

Ce qu'il y a de neuf dans ce desserrage :

· la fonction de cron de k12.updateclient envoyait un message d'erreur pour s'enraciner si un autre cas de k12.updateclient fonctionnait déjà.